我国幅员辽阔，内陆江河湖泊纵横交错，大宗淡水鱼产业发展的资源基础丰厚。我国内陆水域总面积约1760多万公顷，其中河流666.7万公顷，湖泊666.7万公顷。在淡水养殖中，养殖池塘256.7万公顷、湖泊102.5万公顷、水库191.1万公顷、河沟27.5万公顷，其他养殖水域13.0万公顷，另有稻田养成鱼129.5万公顷。这些水域绝大部分处于亚热带和温带，气候温和，雨量充沛，适合鱼类增养殖。我国内陆水域共有鱼类800余种，主要经济鱼类约有40余种。大宗淡水鱼是传统养殖经济品种，罗氏沼虾、中华绒螯蟹、河蚌等也是经济价值较高的品种。丰富的天然鱼类资源是我国水产养殖业取之不尽的品种资源，也是我国成为世界上第一大淡水渔业国家的重要物质基础和根源，它使我国众多的“鱼米之乡”人民富裕、生活安康，也养育了积淀深厚的渔业文化。但随着经济社会发展，人与资源环境之间的关系日趋紧张，我国内陆淡水资源和生态环境系统不断受到人类经济活动的破坏，水域环境污染严重，渔业资源呈现衰退趋势，进而成为大宗淡水鱼类产业发展的瓶颈之一。 
　　 
　　水域生态环境改变，渔业资源萎缩 
　　 
　　随着经济社会快速发展，我国水域开发利用强度不断加大，对水生生物资源造成了破坏，引发了一系列的生态环境问题。具体表现为四个方面： 
　　 
　　重要渔业水域污染物超标 
　　 
　　水域污染物超标在我国各大水域都是一个突出而普遍的问题。根据《2011年中国环境状况公报》，我国26个国控重点湖泊(水库)中，Ⅰ-Ⅲ类、Ⅳ-Ⅴ类和劣Ⅴ类水质的湖泊(水库)比例分别为42.3%、50.0%和7.7%。轻度富营养状态和中度富营养状态的湖泊(水库)占53.8%；中营养状态的占46.2%。我国内陆干旱半干旱地区湖泊面临萎缩及水质盐碱化风险，一些湖泊演变成沼泽甚至消亡。有的湖泊水质下降。 
　　 
　　2011年，全国渔业生态环境监测网对黑龙江、黄河、长江、珠江4个流域的79个重要鱼虾类的产卵场、索饵场、洄游通道、增养殖区及自然保护区451，8万公顷水域的监测结果显示，总氮、总磷、非离子氨、高锰酸盐指数、石油类、挥发性酚及铜、镉的超标面积占所监测面积的比例分别为98.8%、20.2%、14.4%、16.8%、3.7%、0.6%、13.9%和2.4%，与2010年相比，总磷、非离子氨、铜超标范围有所增加；对湖泊、水库重要渔业水域122.6万公顷水域的监测结果显示，总氮、总磷、高锰酸盐指数、石油类、挥发性酚及铜的超标面积占所监测面积的比例分别为89.9%、89.2%、60.7%、14.5%、0.2%和23.4%，与2010年相比，总氮、铜超标范围有所增加；对我国部分国家级水产种质资源保护区(淡水)360万公顷水域的监测结果显示，总氮、总磷、高锰酸盐指数、石油类、铜和非离子氨的超标面积占所监测面积的比例分别为99.5%、3.0%、16.9%、0.1%、0.9%和40.2%，总氮优于评价标准的监测水域数量只占29.4%，与2010年相比，部分超标水域的平均含量有明显升高。滇池国家级水产种质资源保护区平均含量最高(5.66 ms／L)，其中最大值超标20.1倍。总体上看，我国内陆渔业区域污染超标问题比海域、江河要严重，尤其是总氮、总磷、高锰酸盐指数普遍超标，水环境质量堪忧。 
　　 
　　工业污染等问题频发 
　　 
　　2011年，据不完全统计，全国共发生有影响的渔业水域污染事故680次，造成直接经济损失3.68亿元。2011年9月18日，受上游工业废水排放影响，安徽省濉溪县浍河水域发生污染死鱼事故，致使养殖鱼类大量死亡，造成经济损失约910万元。2011年8月27日～9月3日，福建省闽江古田段水口库区因水环境突变造成溶解氧含量急剧下降，发生养殖网箱鱼类死亡事件，造成经济损失约18600万元。2011年8月9日，由于受工厂排污影响，湖南资水新邵段发生死鱼事件，导致死鱼200万公斤，造成经济损失约670万元。2011年8月，陕西省宝鸡峡信邑沟水库，受上游排放污水影响，造成网箱养殖鱼类死亡，经济损失约825万元。 
　　 
　　水体富营养化问题加剧 
　　 
　　随着污染物增加，近岸、江河、湖泊中氮、磷含量不断升高，水域处于富营养化状态，滇池、太湖等大型湖泊的富营养化趋势没有得到遏制，赤潮、水华现象频发。60万亩面积的滇池年入湖污水量达1.85亿吨，形成异常富营养化水域，每年蓝藻大量繁殖，致使鱼类大批死亡，鱼产量成倍下降。2011年9月24日，太湖蓝藻大面积爆发，覆盖面积约238平方公里，占太湖水面总面积的11.1%。 
　　 
　　鱼种资源呈现加速衰退趋势 
　　 
　　受兴建水利、围湖造田等工程影响，我国长江水系四大家鱼的洄游通道、栖息和繁殖场所等遭到破坏，过度捕捞、水域污染也导致鱼类天然群体的生境改变，使野生鱼类种质资源遭到破坏，天然资源减少。 
　　 
　　一是天然捕捞量逐年递减。我国长江天然捕捞量由1954年的54万吨，变为近年来的10万吨。上世纪60年代长江主要经济鱼类产量约占全国总产量的28%，目前下降到约1%。目前，“四大家鱼”已不能形成渔汛。据长江水产研究所统计，1997—2008年，长江干流青、草、鲢、鳙四大家鱼的鱼苗量从35.87亿尾波动性锐减至1.81亿尾，2007年最低，为0.89亿尾。全国禁渔总结会的数字显示：2011年，长江“四大家鱼”产量仅为历史峰值的三百分之一，水生生态资源衰退趋势明显。江苏省淡水水产研究所在长江的监测显示：除去禁捕期，2008年～2012年，捕获量分别为9.6吨、15.4吨、11.3吨、9吨多和7吨多，除2009年有所增加外，近年处于持续大幅减少中。除了“四大家鱼”外，一些珍贵鱼类基本绝迹或濒临灭绝。 
　　 
　　二是伴随水域生态功能退化和天然渔业产量减少，水生生物群落结构出现小型化、低龄化，渔获物单个体重明显降低，性成熟提前，生长速度减缓，抗病能力降低。近几十年来，作为天然水域渔业发展的饵料基础的底栖生物量明显降低。1998年，长江口区底栖生物的生物量为4.79 g／m2，仅为1982年的11.4%，近年来进一步降至1.00 g／m2以下。2008年江苏省重点湖泊监测表明，底栖动物多样性较低，11%的监测点处于较丰富状态，78%的监测点处于一般状况，11%的监测点处于贫乏状况，且底栖动物(寡毛类)中耐污品种比较多。 
　　 
　　资源环境问题对渔业生产带来破坏性影响 
　　 
　　水域生态环境污染和资源衰退不仅直接影响渔业的持续发展，对农民增收形成制约，还影响水产品质量安全，对水生生态系统的生物多样性和水生生物群落的繁衍构成威胁，使渔业持续发展的基础大为削弱。 
　　 
　　天然种质资源大量减少，优良基因流失 
　　 
　　我国四大主要流域鱼类资源丰富，是我国鱼类基因的宝库。丰富的生物资源，为我国淡水渔业，尤其是淡水养殖业的发展奠定了基础。我国水产养殖业所需亲本，都直接或间接来源于天然水域。良好的生态环境有助于天然鱼类的生长和繁衍，也是渔业持续发展的基础。但目前，我国四大家鱼的天然资源在不断减少，野生鱼种的数量下降，直接导致天然基因库中优良基因的流失。目前我国约有6家水产研究单位存有鱼类精子库，每个精子库保存的种类从十几种到三十多种不等，还不到我国淡水和海水鱼类的1%。而一些鱼类消失得太快，鱼种都留不住。农业部数据显示，目前长江“四大家鱼”从占渔获物的80%降至目前的14%，产卵量也从300亿尾降至目前不足10亿尾，仅为原来的3%。黄河原有鱼类150多种，目前三分之一种群绝迹，捕捞量下降40%。黄河鲤等名贵鱼类在大多数河段绝迹。珠江水系24科78属92种列入濒危鱼类，占全国淡水鱼类总数的11.7%，其中中国特有鱼类60种。 
　　 
　　水域污染事故频发对渔业造成损失 
　　 
　　近年来渔业水域污染事故频繁发生，不仅污染水域，还造成渔业经济巨大损失。2007年7月2日，受上游工业废水和生活污水排放的影响，安徽浍河五河段8000公顷水域受污染，造成天然和人工养殖蟹、草鱼、鲢等淡水养殖产品大量死亡，经济损失达965万元。2008年，江苏省渔业污染事故达226起，直接经济损失约2460万元。2004年～2008年，湖北每年渔业水域污染事故从123起增加到233起，直接死亡鱼量从2400吨增加到4000吨。因水域污染而引发了许多社会矛盾，影响了渔区社会稳定。 
　　 
　　渔业病害增多，对渔业发展、农民增收造成重要影响 
　　 
　　“鱼儿离不开水”。水域生态环境出现的诸多问题直接影响鱼类生存，最明显的影响就是水产养殖病害频繁发生，新的流行性病害种类不断出现，导致养殖效益大幅度降低。近年来，在大宗淡水鱼中，受病害影响的养殖品种越来越多，受影响的区域和影响的程度不断扩大。而且，病害一旦发生，发病区域的水产养殖生产会在相当长的时间内难以恢复。根据产业经济研究室的调查，因池塘水质变差，使水产养殖中出血病、肠炎、烂腮病和孢子虫病的发病率变高，肝胆综合病、指环虫病、车轮虫病等发病率上升，甚至出现了一些原因不明的鱼病。病害发生后，养殖户的病害防治费用大幅提高，养殖成本增加，对渔业效益影响明显。据产业经济研究室2013年调查，在诸多养殖面临的困难中，45.86%的受访者选择鱼病难以控制，仅靠养殖户自身无法解决。在国家大宗淡水鱼类产业技术体系30个综合试验站推广的新品种中，也出现了粘孢子虫病、草鱼出血病、肠炎、烂腮病、出血性败血症、鲤春病毒等，对新品种试验示范工作等带来一定影响。其次，鱼类死亡量增加，减少了农产收入。加之一些病因一时无法确认，一旦发生，往往造成大面积“翻塘”现象，养渔产损失常多达数万元。 
　　 
　　威胁鱼类产品质量安全 
　　 
　　水质污染后，鱼类会附集水域中的重金属、石油、农药、有机污染物和生物毒素等污染物。污染物会通过生物富集与食物链传递而危害人类健康和安全。由养殖水域环境引发的水产品质量问题，会大大降低消费者信心，对养殖业长期效益的影响不可估量。消费者对一个产业的信心一旦丧失，在短时间内很难得到恢复。2006年先后发生的食用福寿螺引起管圆线虫病、多宝鱼被检出硝基呋喃类代谢物、桂花鱼检出孔雀石绿等事件，一度使消费者对水产品消费的信心大跌。质量安全方面的不足往往被人为放大，严重影响消费者对相关产品的信任度以及产业形象，引发一连串的连锁反应。 
　　 
　　影响水域生态环境的主要因素 
　　 
　　水域生态环境的变化，主要是由于外部环境条件的变化引起的，但也有渔业自身发展方式的原因。主要的影响来自以下几个方面： 
　　 
　　水质污染对渔业生态环境的影响 
　　 
　　大量江河沿岸工矿企业的工业废水和城市排放的生活污水，超过水域自净能力，直接导致水域生态环境的恶化。第一次全国污染源普查表明，592.6万个普查对象（其中工业源157.6万个、农业源289.9万个、生活源144.6万个）中，各类源废水、废气排放总量分别为2092.81亿吨、637203.69亿立方米。其中，产生工业废水738.33亿吨，排放236.73亿吨。农业面源污染中，产生化学需氧量、总氮、总磷、铜、锌分别达到1324.09万吨、270.46万吨、28.47万吨、2452.09吨、4862.58吨。生活污染源中，生活污水排放量343.30亿吨，生活源废气排放量为23838.72亿立方米。主要水污染物中，化学需氧量、总氮、总磷、氨氮、石油类(含动植物油)分别达到1108.05万吨、202.43万吨、13.80万吨、148.93万吨、72.62万吨。 
　　 
　　水工建筑对渔业生态环境的影响 
　　 
　　我国是一个水患频繁的国家，兴建水利设施可以防洪除涝、优化配置淡水资源。但水利工程设施兴建对于鱼类资源也有破坏性影响。 
　　 
　　一是影响鱼类繁衍。在天然水域，鱼对产卵有比较严格的环境要求。水工建筑修筑后，往往会破坏鱼类的繁衍环境。2003年，我国三峡大坝蓄水后，长江水文环境发生显著变化，鱼类的产卵繁殖和生长栖息场所发生变化。长江青鱼、草鱼和鲢、鳙鱼这“四大家鱼”对环境要求严格，其产卵繁殖要在适宜的水温、水流状态中完成，产卵需要河道水流涨水的刺激，但在产卵高峰的5、6月，天然情况下产生的小洪峰过程因三峡发电而被调平，因而使之丧失产卵条件。 
　　 
　　二是断绝鱼类洄游通道，使渔业资源衰退。《长江三峡工程生态与环境监测系统报告》显示：2004年重庆万州江段鱼类天然捕捞量107吨，日均单船产量1.28公斤，分别只有蓄水前2002年的32%～28%。鱼类资源的衰竭，使得以鱼为食的大型珍稀动物江豚、白鳍豚、白鲟等濒临灭绝。珠三角鱼类原有的近800公里洄游通道，在长洲坝建立后，只剩300多公里，不足洄游性鱼类所需的400公里的无阻碍洄游通道。据珠江水产研究所研究，上游桂平的四大家鱼产卵场的四大家鱼数量从原先占全体的30%缩减至4%～5%，下游两个广东鲂”保护区的广东鲂鱼苗量从2006年的644亿尾缩减到2010年的287亿尾。受干流上修建大坝影响，湖泊内鱼类不能进入江河越冬和繁殖，江河里的幼鱼不能进入湖泊摄食育肥，使江河和湖泊中的鱼类数量减少。上世纪60年代湖北省年均产江苗83.3亿尾，1996年仅产江苗10亿尾。50年代末洪湖隔堤和新滩口节制闸建成后，湖内鱼类种类下降到76种，洄游性鱼类渔汛消失，江湖洄游性鱼类的渔业群体减少，渔业对象演变为鲤、鲫和乌鳢等湖泊定居性鱼类为主。 
　　 
　　三是导致鱼类生物中毒。鱼类及其他一些生物往往喜欢迎水上溯。在水坝进行蓄水调节或停止发电时，经常会关闸停止放水，污染物会聚集在坝下。当闸门突然开启时，下泄水流将河底沉积物和聚集物掀起，使溯水鱼类陷入严重污染的环境而中毒致死。 
　　 
　　水土流失和围垦对渔业生态环境的影响 
　　 
　　水土流失的失控，垦殖活动的增多，使水生生物生存空间被大量挤占，栖息地及生态环境遭到严重破坏，生存条件不断恶化。 
　　 
　　上世纪80年代中期以前，长江源头地区水草丰茂，随着长江干、支流上游毁林开荒趋于严重，上游出现水土流失，森林覆盖率由50年代的30%～40%下降到10%，库区水土流失面积占土地总面积的58.2%。宜昌以下每年大约5亿吨泥沙冲入长江中下游并导致河道淤积，有效渔业水面大为缩小。1949年时，湖北省曾有大小湖泊1066个，是名副其实的“千湖之省”，多年来的水土流失、淤积和围湖造田，使该省三分之二以上的湖泊消亡，到1981年仅存309个湖泊。在清朝道光年间，湖南省洞庭湖水面达6000平方公里，解放初期湖面为4350平方公里，目前仅2623平方公里。江西省鄱阳湖，解放初期湖面为5340平方公里，目前仅3900平方公里。湖泊面积缩小，使鱼类活动空间变小，鱼类的繁殖、洄游、索饵、越冬等生态条件恶化，产量下降。与上世纪50年代相比，洞庭湖80年代的鱼类繁殖场、索饵场及越冬场分别减少45%、78.2%和50%。无节制的围垦进一步减少了渔业面积。据不完全统计，近30年来，长江中下游被围垦的湖泊面积达1.14万平方公里，约占50年代湖泊面积的47%。 
　　 
　　酷渔滥捕加剧了天然水域渔业资源的衰退 
　　 
　　渔业生产者大量使用有害渔具、渔法，过度捕捞产卵亲鱼和幼鱼群体，对鱼类资源造成直接破坏，这也是导致渔业资源衰退的重要因素。一些洄游性鱼类从海里游到长江中上游或从长江中游游到海里产卵、繁殖、生长，须躲过重重“关卡”才能逃生。一些渔民们将单层流刺网改为双层、三层流刺网，且大部分渔民的捕捞网目越来越小，甚至将深水囊网、长江鳗鱼网、底拖网等禁用渔具也派上用场，在江面上设下道道“埋伏”，连长江小杂鱼也成为网中之物。
　　 
　　养殖方式不合理 
　　 
　　养殖方式不合理，会破坏水域生态环境。在目前的增养殖技术条件下，由于生产操作缺乏严格规范，在封闭或半封闭的增养殖生态系统中，残饵、排泄物、生物尸体、渔用营养物质和渔用药物等，会使得硫化物、残留药物、有机质和还原物质含量升高，有害微生物或噬污生物繁衍，水域营养盐升高，下层水域缺氧，极易形成污染。当投入水平超过有效负荷后，水域无法实现自净，既影响水产品质量，又造成水域环境污染。不注重病害预防，违规使用违禁药物，还会使水生生物产生抗药性。为保证鱼类生长，我国发布的《渔业水质标准》明确规定，养殖用水必须符合各种理化因子指标。 
　　 
　　调研表明，在不少地区，一些养殖户片面追求单产，缺乏科学的论证和功能区划，采用肥水养殖，形成了大面积、单品种、高密度的养殖格局。长期结构单一的密集养殖，造成生物种群多样性降低，食物链变短，生态系统的稳定性变差，极易引发病害的发生和流行。加之养殖区域排灌水设施不合理，造成养殖水域污染日益严重。